Está ubicado al norte de Guatemala, en el Departamento de Petén. Esta es una zona de alta importancia para la conectividad de la Selva Maya. La Sierra del Lacandón es el segundo parque nacional más grande de Guatemala. Ha sido caracterizado, junto con el Parque Nacional el Mirador-Río Azul, como la región de mayor diversidad vegetal dentro de la Reserva de la Biosfera Maya.
Es un área de enorme importancia, tanto por el patrimonio cultural que alberga como por el natural. Debido a las presiones humanas, el parque nacional es un área amenazada críticamente, que corre un riesgo muy alto de fracasar en la protección y mantenimiento de la diversidad biológica en un futuro inmediato, a menos que se realicen acciones urgentes.