El Biotopo Protegido Naachtún Dos Lagunas se encuentra ubicado en el departamento de Petén en el norte de Guatemala. Conforma la zona núcleo de la Reserva de la Biosfera Maya. Una de las características del biotopo es que cuenta con pocas fuentes de agua dulce, una de ellas, Dos Lagunas, es la que da parte al nombre.
El biotopo fue creado para la protección del venado de cola blanca, albergando también numerosas especies vegetales y animales. Asimismo se han encontrado en el área restos mayas de gran valor arqueológico.
El área no ha sufrido mayores cambios en la cobertura vegetal, ni ha habido incidencia de incendios; la extracción ilegal de madera y otros productos ha sido esporádica y mínima. Este Biotopo es considerado en un área protegida vulnerable, ya que se encuentra en buen estado de conservación pero no obstante aun hay que asegurar la protección y mantenimiento de su diversidad biológica.